南曲、北曲来自不同体系，各方面差异较大，在绝大多数情况下，南曲与北曲分别联套，并不混用。但在南北曲发展过程中，出现了一种“南北合套”的联套形式。这种形式据载始于元代沈和（和甫）的散曲《潇湘八景》，实际在时代更早的南戏《小孙屠》中，已经有了应用。
南北合套一般由南北各自成套的两套曲牌，由北曲起始，一北一南穿插混合而成。有时开头用南引子，有时不用。南北两套曲子“所采用的笛色相同。在体式上采取北曲曲牌和南曲曲牌交替连缀。由于音乐旋律迥然不同，南北曲的交替歌唱，就形成一种特殊的声情风格。”[1]
《九宫大成南北词宫谱》中，有详尽的各宫调南北合套罗列，可供参考。昆曲中常用的比如如下两套：
- 【北新水令】【南步步娇】【北折桂令】【南江儿水】【北雁儿落带得胜令】【南侥侥令】【北收江南】【南园林好】【北沽美酒带太平令】【南尾声】
- 【北醉花阴】【南画眉序】【北喜迁莺】【南画眉序】【北出队子】【南滴溜子】【北刮地风】【南滴滴金】【北四门子】【南鲍老催】【北水仙子】【南双声子】【北煞尾】
南北合套中的南曲和北曲联套，保留了各自的特色。南曲依旧用五声音阶，北曲依旧用七声音阶；理应北曲由该折主角一人独唱到底，保留了杂剧中主角一人独唱的特色，而南曲则由一个或几个配角独唱、合唱、分唱。《长生殿·絮阁》用了上面举例的【北醉花阴】【南画眉序】一套，旦角杨贵妃作为主角唱北套，其他人分唱南套，剧本角色分配如下（演出本有删减）：
旦【北醉花阴】丑【南画眉序】旦【北喜迁莺】生、内侍【南画眉序】旦【北出队子】生【南滴溜子】旦【北刮地风】丑【南滴滴金】旦【北四门子】老旦【南鲍老催】旦【北水仙子】生【南双声子】生【北煞尾】
[1] 吴新雷主编. 中国昆剧大辞典[M]. 南京：南京大学出版社, 2002.05. P500“南北合套”